SANKO Üniversitesi Hastanesi 10 ameliyat salonuna sahiptir. Ameliyathaneler laminar hava akımı ve hepafiltrelerle donatılmıştır.
C kollu röntgen makinesi, bilgisayar donanımlı anestezi cihazları, ameliyat mikroskobu ve endoskopik sistemlerle, teknolojinin tüm imkanlarından faydalanılan ameliyathanelerde 24 saat tüm açık ve kapalı ameliyatlar yapılabilmektedir. Hastanemiz, organ nakli, pediatrik ve erişkin açık kalp ameliyatları, beyin cerrahisi mikrocerrahi, laparaskopik cerrahi ameliyatları başta olmak üzere, tüm branşlarda özellikli ameliyatları yapmak için gerekli olan ekiplere ve teknik donanıma sahiptir. Koroner by-pass cerrahisi, konjenital kalp hastalıkları cerrahisi, kalp-kapak ve damar cerrahisi, artroskopi, eklem protezleri, tüm genel cerrahi ameliyatları, travma ve acil cerrahi ameliyatları ile mikrocerrahi ve reemplantasyon, vertebra cerrahisi, çocuk cerrahisi, çocuk ortopedi cerrahisi, beyin ve omurilik cerrahisi, liposuction ve nazoplasti gibi plastik ve rekonstrüktif cerrahinin her türlü ameliyatı, göz, KBB, jinekoloji ve üroloji ameliyatları yapılabilmektedir.
Ameliyathanemizde temizliğe üst düzeyde özen gösterilmektedir. Bu amaçla odaların günlük temizlik ve dezenfeksiyonunun yanı sıra ayda bir kez, tüm ameliyathanenin genel terminal dezenfeksiyonu yapılmaktadır.