Mikrobiyata ve Fonksiyonel Tıp

Fonksiyonel tıp, kronik hastalıkların kök nedenlerini saptayıp bu sorunların düzeltilmesine odaklanan bütünsel bir tıp yaklaşımıdır.

Fonksiyonel tıp, kronik kompleks hastalıkların önlenmesi ve tedavisinde kullanılmaktadır.

Fonksiyonel tıp; bireye özgü temel genetik, fizyolojik, biyolojik dengesizlikleri; mikrobiyoloji, biyokimya, moleküler biyoloji, genetik, epigenetik, fizyoloji, toksikoloji, epidemiyoloji vb. birçok bilim dalından eş zamanlı olarak yararlanarak; bireye özgü altta yatan nedenleri saptamak ve bu nedenleri ortadan kaldırarak, sağlığı korumaya, geri kazanmaya yönelik bir yaklaşımdır.

Fonksiyonel tıp, klasik tıp bilgisi gerektirir, klasik tıptan farklı olarak fonksiyonel tıp yaklaşımı hastalıkları değil organizmayı tedavi eder.

Mikrobiyata insan vücudunda hastalık yapmadan yaşayan, daha önceden ‘mikroflora: normal flora’ olarak adlandırılan mikroorganizmaların tamamı, mikrobiyom ise bu mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanır. Mikrobiyata ve mikrobiyom terimleri çoğu kez birbirinin yerine ve aynı anlamda kullanılmaktadır.

İnsan mikrobiyatasında büyük çoğunluğu gastrointestinal sistemde olmak üzere deri, genitoüriner sistem ve solunum sisteminde kolonize olan bakteriler, virüsler, mantarlar ve ökaryotik mikroorganizmalar da dahil olmak üzere yaklaşık 38 trilyon mikroorganizma bulunur. Bu sayı kabaca insan hücre sayısına eşittir.

Nükleik asit dizi analizi teknolojilerinin gelişmesi ile mikroorganizma çeşitliliği ve mikroorganizmaların miktarı ölçülebilmekte olup, başlıca bağırsaklar olmak üzere insan vücudu mikrobiyatası üzerine çok sayıda bilimsel çalışma yapılmaya başlanmıştır. Teknolojinin ilerlemesiyle, önceden steril denilen yani mikroorganizmaların bulunmadığı düşünülen akciğer, meme, karaciğer, pankreas, prostat ve böbrek gibi doku ve organların da düşük miktarda mikrobiyal toplulukları barındırdığı ortaya çıkmıştır. Bu durum bilim dünyasını mikrobiyata-hastalık ilişkisini araştırmaya daha fazla itmiştir.

Human Microbiome Project çalışmasında batılı toplum mikrobiyatası Tanzanya’daki avcı toplayıcı toplulukların mikrobiyatası ile karşılaştırıldığında florada çeşitlilikte azalma olduğu görülmüştür. Sonuçta yaygın antibiyotik kullanımının, özellikle çocukluk çağında aşırı steril ortamda süren yaşamın, bitkisel liflerden fakir beslenmenin ve hatta stresin son 100 yılda bağırsak ekosisteminde böyle bir değişikliğe neden olduğu kanısına varılmıştır.

Gastrointestinal sistem, fonksiyonel tıbbın bireyi bütünsel yaklaşımda ele aldığı en önemli yerdir.  Bu sistemde sindirim-emilim, mikrobiyata, bağırsak geçirgenliği, immün regülasyon ve inflamasyon, enterik sinir sistemi işlevselliği incelenmesi gereken noktalardır.

Bağırsak mikrobiyatası konak organizmanın normal fonksiyon göstermesinde önemli rol oynamaktadır. Bağırsak florasının karbonhidrat kalıntılarından fermentasyonla enerji tasarrufu yapmak, B ve K vitamini sentezlemek, sindirilememiş lifleri parçalamak, bağırsak içi pH dengesini sağlamak, antimikrobiyal ürünler üreterek patojen mikroorganizmaların bağırsağa yerleşmesini önlemek, kolon kanseri gelişimini önlemek, salgısal IGA üreterek epitel hücrelerini korumak, bağırsak geçirgenliğini önlemek, diyetteki toksinleri parçalamak, safra tuzlarının geri dönüşümünü sağlamak, bağırsak hareketlerini düzenlemek ve bağışık yanıt oluşumunu uyarmak gibi oldukça önemli görevleri vardır. Ancak birey, yaşam tarzını, beslenme alışkanlıklarını değiştirerek bağırsak mikrobiyatasını etkileyebilir.

Karbonhidrat ağırlıklı diyetle beslenenlerde, sakkarolitik; yani karbonhidratları metabolize eden bakteriler artar (Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, Eubacterium, Propionibacterium, Escherichia, Enterococcus, Peptostreptococcus, Fusobacteria vb.). Protein ağırlıklı beslenenlerde protein metabolizması ile enerji elde eden Streptococcus, Staphylococcus, Proteus, Escherichia, Clostridium, Bacillus gibi bakteriler artar.

Doğumdan sonra, 36’ncı aya kadar çocuğun bağırsak mikrobiyatası değişime uğrayarak son şeklini alır. Yaklaşık iki yaşında anne sütü ile beslenme kesildikten sonra bir çocuğun vücut florası erişkin florası ile benzer özellik alır. Bundan sonra mikrobiyata bakterilerinin yüzde 60-70’i yaşam boyu değişmeden kalır. Yaş ve hormonlara bağlı değişikliklerden floranın 18-40 yaş arası dönemin en az etkilendiği de bilinmektedir.

Antibiyotik kullanımının floraya ciddi etkisi bulunmaktadır. Antibiyotiğin türüne ve dozuna bağlı olarak bağırsak mikrobiyatasının normale dönebilmesi için 6 ay hatta 4 yıldan fazla süre gerektiği düşünülmektedir. Metformin, proton pompa inhibitörleri, kortikosteroidler, immünsupresif ilaçlar ve takviye gıdaların, sigara, tütün ve alkol kullanımının, beslenme tipinin, fiziksel aktivitenin, vücut kitle indeksinin, kronik hastalıkların, ağız ve diş sağlığı sorunlarının mikrobiyatayı etkilediği çeşitli çalışmalarla gösterilmiştir.

Karaciğer hastalıkları, obezite, tip 2 diyabet, alerji, astım, lupus, otizm, psöriazis, ateroskleroz ve irritabl bağırsak sendromu gibi pek çok hastalıkta bağırsak mikrobiyatasında değişiklik olduğu gözlenmiş, depresyon vb. bozukluklar ile de bağlantılı olduğuna dair bulgular elde edilmiştir.

Sağlık-hastalık dengesinde bu kadar önemli olan mikrobiyata üyelerinin saptanması, aralarındaki dengesizliğin belirlenmesi mümkün mü?

Numunenin uygun şartlarda toplanması, saklanması, hazırlanması, başka merkezde çalışılacaksa transferi mikrobiyata analizlerinde en önemli basamaklardır. Bu aşamalarda oluşabilecek hatalar, eksiklikler çalışma sonucunu ciddi şekilde etkileyecektir. Doğru şekilde toplanmış ve hazırlanmış örneklerden nükleik asit eldesi, moleküler çalışmalar (Amplifikasyon ve sekans analizi), biyoinformatik ve istatistiksel analizler yapıldıktan sonra sonuçların analizi, yorumlanması da ciddi titizlik, bilgi birikimi ve zaman isteyen basamaklardır.

Sonuç olarak; evet günümüzde mikrobiyata analizi yapan çeşitli laboratuvarlar bulunmaktadır. Ancak analiz için kullanılan testler ve yöntemler henüz standardize olmamakla beraber, mikrobiyata analizleri ile ilgili yapılan çalışmalar da henüz yeterli değildir.

Kaynaklar

1. Atasoy M. “Kronik Hastalıklara Yaklaşımda Yeni Bir Sistematik” Fonksiyonel Tıp. 2. Baskı, 2018. US Akademi, İzmir
2. Mikrobiyata, Probiyotikler ve Akılcı Beslenme. Altındiş M (edt). 2. Baskı, 2023. Nobel Akademik Yayıncılık
3. Cao Y, Xia H, Tan X, Shi C, Ma Y, Meng D, Zhou M, Lv Z, Wang S, Jin Y. Intratumoural microbiota: a new frontier in cancer development and therapy. Signal Transduct Target Ther. 2024 Jan 10;9(1):15. doi: 10.1038/s41392-023-01693-0. PMID: 38195689; PMCID: PMC10776793.
4. Alagiakrishnan K, Morgadinho J, Halverson T. Approach to the diagnosis and management of dysbiosis. Front Nutr. 2024 Apr 19;11:1330903. doi: 10.3389/fnut.2024.1330903. PMID: 38706561; PMCID: PMC11069313.